1993年，川沙县被撤销，与周边一些区域，共同组建了浦东新区 。这一时期，，上海市下辖了14个区、6个县，总计20个区县 。分别是：黄浦区、南市区、卢湾区、徐汇区、长宁区、普陀区、静安区、闸北区、虹口区、杨浦区、宝山区、嘉定区、闵行区、浦东新区、南汇县、奉贤县、松江县、金山县、青浦县、崇明县 。
随着上海市的持续发展，城区面积进一步扩大，城市人口进一步增加 。90年代末期，上海市的松江县、青浦县、金山县被陆续撤销，组建了松江区、青浦区、金山区 。21世纪初期，南汇县、奉贤县被撤销，组建了奉贤区、南汇区 。南市区也被撤销，并入了黄浦区 。
2009年，南汇区被撤销，并入了浦东新区管理 。2011年，卢湾区被撤销，并入了黄浦区管理 。截止这个时候，上海市总计下辖了16个区和1个县，总计17个区县 。分别是：黄浦区、徐汇区、长宁区、闸北区、静安区、普陀区、虹口区、杨浦区、浦东新区、闵行区、宝山区、嘉定区、金山区、松江区、青浦区、奉贤区、崇明县 。
2015年，闸北区被撤销，并入了静安区管理 。2016年，崇明县被撤销，组建了崇明区 。截至这个时候，上海市16个区的区划结构，已经彻底形成 。说来也巧，北京市、天津市也是16个区的区划格局 。

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