1942年4月，陈垣校长在辅仁大学返校节运动会上演讲，痛斥汉奸 。
沦陷区“抗日大本营”沦陷期间，被日伪接管的北平其他高校都被迫实行奴化教育，日语被迫作为必修课，教材也被改用日文课本，校门悬挂日本国旗，有的学校蛮横地要求师生进校门时，必须对日本国旗鞠躬 。
辅仁大学也有日伪经常来校盘问搜查，师生要不断填写各种表格，学校要经常报告学生情况 。从1939年开始，日本派遣细井次郎以第二外国语教授的名义来校做驻校代表 。1942年，细井次郎又升任为日文系主任、校务长首席秘书，兼任附中学监 。此后派来的日籍教师逐渐增多，学生中也有许多日伪特务，一起对辅大师生进行监视 。在此情况下，陈垣校长与德国籍天主教圣言会司铎出面与日伪交涉，坚持学校不挂日本国旗，不用日语课本，不把日语作为必修课，从而使辅仁大学成为沦陷区唯一不悬挂日伪旗帜、不读日伪所编写的旨在推行奴化教育的教材的大学 。
但是，日伪并不甘心辅仁大学的特立独行 。1938年5月，日军侵占徐州之后，强迫北平全市悬挂日伪国旗，并强令群众上街游行庆祝 。辅仁大学及其附属中学，坚决拒绝这些无理要求，结果日伪震怒，强令辅仁大学及其附中停课3天，并多次派人“质问”校长陈垣 。陈垣回答：“我们国土沦丧，只有悲痛，要庆祝，办不到！”坚决不挂旗，不游行 。
陈垣和文学院院长沈兼士等人还巧妙地进行学术文化抗日 。陈垣在1940年的《辅仁年刊》中题词说：“子张问行，子曰：言忠信，行笃敬，虽蛮貊之邦行矣 。言不忠信，行不笃敬，虽州里，行乎哉？”这里的“蛮貊之邦”指的是沦陷区 。因为陈垣看到个别辅仁大学毕业生在为敌伪做事，甚至欺压国人，感到十分痛心，因此劝诫同学们一定要严格要求自己，做一个正直的人，即使是生活在沦陷区，也不能言语无信，甚至干助纣为虐的事 。陈垣引用这些经典，谆谆告诫学生，日伪明知其深意所在，但因引用的是儒家经典，也对他无可奈何 。
沈兼士先生是汉语言文字学权威，在沦陷区，他常用甲骨文、金文、篆文等古文字写文、赋诗、撰联愤斥日寇 。如在《“鬼”字原始意义之试探》文末落款为“民国廿五年二月廿一日打鬼节沈兼士写成于北平”；在《吴著经籍旧音辩证发墨》文末为：“民国廿九年四月四日写于北平寓庐之抗志斋”；在《杀、祭古语同源考》文末为：“二十八年除日于北平寓庐之识小斋” 。这里的“打鬼节”、“除日”、“抗志斋”均表示出鲜明的抗日色彩 。1941年，他给高步瀛的挽联云：“冀北马群空，后进何知失大老；天上欃枪落，家祭无忘告乃翁 。”他用欃枪（扫帚星）比喻日寇，表示日寇必败，中国必能雪耻复国 。在敌伪严密的文字狱罗织下，旁人为之捏一把汗，而沈兼士却处之泰然 。他曾给山东曲阜孔庙和同人及弟子写过这样一副用甲骨文写的楹联：“九有无人御虎兕；万方今日竞龙蛇 。”解放后，当时的“通懦”陆辛农先生见到这副楹联曾评价说：“沈先生真了不起，不愧是位抗日的英雄人物，他居然敢在日寇侵华的最猖狂时期，在沦陷区内写出这样激愤的抗日词句，难能可贵！”他解释说：“九有就是九州，就是中国的国土 。虎是猛虎，兕原指犀牛，这里用为野牛的意思，是指日寇 。这句话是说九州大地沦丧，一任虎兕横行，竟然无人能驾御 。下联是指二战，整个世界都在龙蛇相争，天下大乱了 。”陆先生说：“好在这副楹联是用甲骨文写的，日本宪兵队就是发现了也不知写的是什么 。可万一认出来呢，那可就要掉脑袋呀！”

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