2002年4月4日 ， 撤销王集乡 ， 设立王集镇 。同年8月 ， 于曹城镇和普连集镇结合部 ， 设立曹县（青岛）工业园区 ， 区域范围覆盖20个行政村（尹坑、武楼、北邵、牛楼、吕庄、北朱楼、杨庄、温庄、张泗庄、路庄寨、钟口、李楼寨、赵楼、杜庄、隆华店、红庙寨、田油坊、郜庄、明庄、后窑）、74个自然村 ， 面积29.8平方公里 。
2006年12月 ， 撤销曹城镇 ， 以原曹城镇的行政区域和普连集镇、倪集乡的部分行政区域 ， 设立曹城街道、青菏街道和磐石街道 。将原曹城镇的北关、西城、西街、北街、东街、南关6个社区和马山庄、石庄、西邵庄3个行政村及倪集乡的八里庙、刘六庄、王乐田3个行政村 ， 共12个村（居）划归曹城街道管辖 ， 街道办事处机关驻原曹城镇人民政府驻地；将原曹城镇29个行政村 ， 共34个村（居）划归磐石街道管辖 ， 街道办事处机关驻青岛南路；将原曹城镇的6个行政村和普连集镇43个行政村及倪集乡的袁楼、季庄、三合村3个行政村 ， 共52个行政村划归青菏街道管辖 ， 街道办事处机关驻丹江路 。
2008年1月 ， 邵庄镇东、西李寨二村合并为李寨行政村 。青南、青北二村合并为青山行政村 ， 郭庄、袁庄合并为袁庄行政村 ， 袁小楼、瓦屋庄、白场合并为白场行政村 ， 武庄、旗杆庄、邵庄合并为邵庄行政村 。
2009年底 ， 全县设16个建制镇、8个乡和3个街道 ， 即：普连集镇、古营集镇、王集镇、侯集回族镇、苏集镇、孙老家镇、安蔡楼镇、青堌集镇、庄寨镇、魏湾镇、桃源集镇、韩集镇、砖庙镇、阎店楼镇、梁堤头镇、邵庄镇、郑庄乡、倪集乡、青岗集乡、楼庄乡、常乐集乡、大集乡、仵楼乡、朱洪庙乡、曹城街道、青菏街道和磐石街道 。辖2797个自然村 ， 1169个行政村、11个社区 ， 总人口154.37万人（详细行政区划情况见第三十四编） 。
2010年5月 ， 经山东省人民政府批准 ， 撤销郑庄乡和青岗集乡 ， 设立郑庄镇、青岗集镇 。
2011年9月 ， 经山东省人民政府批准 ， 撤销倪集乡 ， 设立倪集镇 。
2012年 ， 大集乡赵岗行政村并入孙庄行政村 。
2013年12月 ， 撤销常乐集乡 ， 以其原行政区域设立常乐集镇 ， 镇政府驻原乡政府驻地；撤销郑庄镇 ， 以其原行政区域设立郑庄街道办事处 ， 办事处机关驻原镇政府驻地；撤销倪集镇 ， 以其原行政区域设立倪集街道办事处 ， 办事处机关驻原镇政府驻地 。将青菏街道办事处钟口、赵菜园、前尹楼、后尹楼、李楼寨、寇集、徐集、晏庄、张堂、任庄10个行政村划归普连集镇管辖；将磐石街道办事处的卢寨、张岗、前武新庄3个行政村划归青菏街道办事处管辖；磐石街道办事处的孙楼村划归孙老家镇管辖 。
2015年2月4日 ， 撤销曹县大集乡 ， 以其原行政区域设立大集镇 ， 镇政府驻原大集乡政府驻地；撤销曹县仵楼乡 ， 以其原行政区域设立仵楼镇 ， 镇政府驻原仵楼乡政府驻地 。2020年7月 ， 经省政府批准 ， 撤销楼庄乡、朱洪庙乡 ， 设立楼庄镇、朱洪庙镇；8月 ， 经省政府批准 ， 撤销庄寨镇、桃源集镇 ， 设立新庄寨镇
2018年年底 ， 辖20个镇 ， 2个乡 ， 5个街道 。全县有2691个自然村 ， 791个村委会 ， 16个居委会 。

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