天桐、伯特、寇恩、芦荟和哈奇库道馆馆主的地位被黑连、霍米加和西子伊取代 。
白露带给主角最初拿到的宝可梦 。
已形成一个新的等离子队，并且由魁奇思运作 。
整个剧情中经常会与一位名叫阿克罗玛的等离子队手下对战 。
部分剧情需要与罗德、维奥和黑暗三人组对战 。
道馆馆主改变为黑连、霍米加、亚堤、小菊儿、菊老大、风露、夏卡和西子伊 。
艾莉丝成为合众新的冠军 。
魁奇思卷土重来并制定了用酋雷姆冻结合众地区的计划 。
Ｎ回到合众地区，但他带着的捷克罗姆B2或莱希拉姆W2与酋雷姆被魁奇思融合为暗黑酋雷姆B2或焰白酋雷姆W2 。
不像《黑／白》，封面宝可梦暗黑酋雷姆B2或焰白酋雷姆W2不能在剧情中获得，但可以在游戏结束后按照一定的要求得到 。
整个游戏共有几次组队进行双打对战：与另外的主角一次、与黑连两次、与修四次、与白露一次，还可以多次与天桐、寇恩或伯特其中之一组队与其它两位对战 。
游戏其他变化
挑战宝可梦培育家和战胜他们无关，进入他们的视线就会发起对战，除非是在大竞技场和小运动场中 。
与原来的《黑／白》相比，添加了类似于《白金》的四位新的招式教学者 。这些招式教学者通过不同的碎片来作为教授宝可梦的条件 。
【口袋妖怪黑白详细攻略 口袋妖怪黑2白2图文攻略】要素
奖牌
《黑２／白２》中新引入了奖牌系统，在游戏中完成特定的行动就可以获得奖牌 。
季节
季节在这部游戏再次登场 。除了在游戏开始时覆盖整个屏幕，每当主角进入了新的区域时，屏幕底部也会出现一个文本框介绍当前的季节 。
形象动画
宝可梦的形象沿袭《黑／白》，仍然都是动画并在整场对战中移动 。但是训练家的形象动画不再沿袭《黑／白》，每一个训练家在游戏中都有对战动画，以及使用更多的帧数以允许动画更流畅 。
隐藏洞穴
隐藏洞穴是《黑２／白２》的新要素之一，里面会出现隐藏特性的宝可梦或进化之石等道具 。
难易度选择
《黑２／白２》中首次引入了难易度选择，共有三种难易度：挑战模式（难）、普通模式（中等）、助手模式（简单） 。游戏默认为“普通模式”，《黑２》通关后解锁“挑战模式”，《白２》通关后解锁“助手模式”，模式可以在标题画面更改 。挑战模式下所有训练家的宝可梦等级提升，道馆馆主和四天王的队伍强化，所获得的奖金也可能随之增加；助手模式下所有训练家的宝可梦等级降低，所获得的奖金也可能随之减少 。如果想要获得版本内无法解锁的模式，或是想使用不同的模式通关，或是提前使用模式，玩家必须使用合众连接与已经开启所需模式的玩家通信 。
宝可梦好莱坞
宝可梦好莱坞游戏中的一个新要素，主角可以在宝可梦好莱坞参与拍有关于宝可梦的电影 。主角可以选择各种方案表演 。表演以对战方式进行 。依照选择的台词不同，会有不同的评价 。
宝可梦世界锦标赛
宝可梦世界锦标赛，简称PWT，是《黑２／白２》中的一个新的特色设施??，主角可以在那里与前几世代不同擅长属性的每个道馆馆主与冠军（除了阿桔和艾莉丝）战斗 。
道馆
两年内，《黑２／白２》中完成了道馆馆主的轮替，一些过去的道馆馆主已经把他们的位置让给了他人 。现在的八位合众道馆馆主：黑连（一般属性）、霍米加（毒属性）、亚堤（虫属性）、小菊儿（电属性）、菊老大（地面属性）、风露（飞行属性）、夏卡（龙属性）和西子伊（水属性） 。

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