浙江大学的师范学院的全部和文学院、理学院留在杭州的部分等成立浙江师范学院，1958年更名为杭州大学 。
浙江大学的农学院单独分出成立浙江农学院 ， 1960年更名为浙江农业大学 。
浙江大学的医学院等成立浙江医学院，1960年更名为浙江医科大学 。
浙江大学的工学院则继续留守本校 ， 浙大暂时从综合性大学变成了多科性的工科大学 。
1957年，经批复，浙江大学开始恢复理科专业 ， 同年重建了数学系、物理系 。1958年 ， 浙江大学重建了化学系 。1960年 ， 浙江大学重建了地质系 。浙江大学由此成为了全国工科大学中第一个重建理科的大学，重新走上了理工结合的办学道路，由工科大学逐渐发展为以工为主的理工科大学 。
1963年9月12日，浙江大学成为了全国重点高校 。
1978年，党的十一届三中全会的胜利召开，为浙江大学的复兴，提供了非常宝贵的历史机遇 。从此，浙江大学获得了非常广阔的发展空间，进入了复兴的历史新时期 。
1978年3月25日，中国科学院和浙江省革委会 ， 决定同意将浙江大学归属中国科学院和浙江省委双重领导，以中国科学院为主 。1979年2月8日 ， 中国科学院党组任命着名物理学家、中国科学院副院长钱三强兼任浙江大学校长 。
1988年2月 ， 浙江大学在路甬祥老校长的领导下，走上了快速发展的道路 ， 路甬祥老校长也因此成为了浙大历史上第二伟大的校长 。1989年1月28日，经国家教委批复 ， 浙江大学和清华大学成为了两所综合改革试点院校 。
综合改革的总体目标：争取到2000年之前，把浙江大学建设成为以工为主、理工结合、设有文管、教育质量和教学研究水平稳定地全面地居于全国大学前列 ， 在国际上有重大影响的综合性理工科大学 。由此，浙江大学迎来了浙大百年发展史上的第二个黄金时期，迈出了复兴的第一步 。
1995年，浙江大学成为首批7所列入国家“211工程”建设计划的全国重点大学之一 。杭州大学、浙江农业大学、浙江医科大学也分别成为实力雄厚、特色鲜明，居于全国同类大学前列，在海外具有较大影响力的全国重点大学，并分别通过了“211工程”部门预审和重点建设项目立项论证 。四所学校对浙江省乃至全国的经济建设和社会发展都作出了重要贡献 。
新浙江大学时期
1998年9月15日，鉴于苏联高等教育模式的弊端越来越明显，以及国家对建设世界一流大学的需要，经批复，曾经从浙江大学分离出去的杭州大学、浙江农业大学、浙江医科大学回归浙大母体 ， 共同组建了新的浙江大学 。
至此，自1952年院系调整以来所形成的四校分治的局面结束了 。浙江大学由此停止了对苏联模式的使用，恢复了1952年之前的学科设置，重新成为了综合性大学 ， 再次走上了快速发展的道路，并迈上了建设世界一流大学的新征程 。由此，浙江大学迎来了浙大百年发展史上的第三个黄金时期，迈出了复兴的第二步 。
1999年，浙江大学成为首批9所列入国家“985工程”建设计划的全国重点大学之一 。
2007年1月21日，浙江大学恢复了1952年院系调整时停办的航空航天系，该系隶属于新成立的航空航天学院 。
2009年上半年，浙江大学实行了学部制，全校调整为七大学部——人文学部、社会科学学部、理学部、工学部、信息学部、农业生命环境学部、医药学部 。
2009年10月9日，中国的九校联盟（C9）启动，浙江大学成为联盟成员之一 。
2012年6月10日 ， 浙江大学成立了海洋学院，学院由海洋科学系和海洋工程学系组成 ， 隶属于工学部，位于浙大新成立的舟山校区 。

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