一、准确界定行政机关的自由裁量权
行政机关行使法律、法规规定的自由裁量权的案件可以适用调解，这是《行政诉讼法》第六十条予以明确规定的，但关键在于如何界定行政机关的自由裁量权，即哪些属于行政机关行使自由裁量权的案件 。
自由裁量权是指行政机关因对行政法规范的适用具有较大选择、裁量余地而作出自由裁量行为的权力 。只要行政机关是在自由裁量范围内对行政权力作出处分，该处分行为是在法律允许范围内，并没有违反法律规定，且行政相对人接受行政机关的处分权，既不会损害其与行政机关之间形成的行政法律关系，同时一般也不会对国家利益、社会公共利益及他人合法权益造成损害，此时可以适用调解 。
对于行政机关自由裁量权的界定，主要看两个条件：一是法律、法规规定 。只有在法律、行政法规或者地方性法规赋予行政机关自由裁量权的情况下，行政机关因行使了该自由裁量权作出行政行为，而引发的行政诉讼案件方可适用调解 。二是行政行为应当是合法的，如果行政机关超出自由裁量范围作出行政行为则属违法，即使行政相对人或者相关人愿意接受这种结果，也不能改变行政机关违法的事实，不能消除违法状态 。因此，行政机关行使自由裁量权作出违法的行政行为时，不适用调解 。三是行政行为存在合理性、正当性问题 。如果行政机关根据行政相对人的违法事实，依据相关法律，在自由裁量范围内作出的行政行为已经做到符合公益或者对相对人损害最小，此种情况下，因该自由裁量行政行为不存在合理性问题，也不适用调解 。
本案中，被告市工商行政管理局对原告医药公司作出被诉处罚决定的法律依据是《反不正当竞争法》（1993年）第二十二条，即“经营者采用财物或者其他手段进行贿赂以销售或者购买商品，构成犯罪的，依法追究刑事责任；不构成犯罪的，监督检查部门可以根据情节处以一万元以上二十万元以下的罚款，有违法所得的，予以没收” 。依据此规定，行政机关可以对违法的经营者，根据其违法情节，在罚款数额的幅度上有一万元到二十万元的裁量区间 。被告市工商行政管理局对原告医药公司处以18万元的罚款，恰是属于行政机关行使法律、法规规定的自由裁量权的案件 。故原告医药公司对被告市工商行政管理局的在自由裁量权范围内作出的上述行政处罚行为不服提起诉讼，人民法院可以适用调解 。
二、调解应遵循自愿、合法的原则
行政诉讼法在规定可以进行调解的案件类型的同时，亦规定了行政诉讼中调解应遵循的法定原则 。《行政诉讼法》第六十条第二款规定，调解应当遵循自愿、合法原则，不得损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益 。
首先，人民法院在调解时应当遵循自愿原则 。只有当事人自愿同意调解的，方能进行调解；任何一方当事人不同意调解的，不得强行为之 。自愿原则应当贯穿调解的整个过程，人民法院对调解过程应当进行全程监控，特别注意行政机关在调解过程中是否利用其行政管理地位以迫使相对人违背自己真实意思，强行压服当事人接受其提出的意见 。调解只是解决行政争议的一种方式而非唯一方式，对于当事人在调解过程中不愿继续调解的，不应反复进行调解，应当及时作出判决 。
其次，人民法院在调解时应当遵循合法原则 。一是人民法院对行政行为的合法性进行审查，只有在被诉行政行为合法，但欠缺合理性及裁量不当的情况下才能进行调解；二是人民法院应当对调解活动及调解内容的合法性进行监督，调解应当按照法定的程序进行，对调解协议内容，人民法院应当审查是否违反相关法律法规的强制性、禁止性规定，同时也要审查是否损害国家利益、社会公共利益和他人的合法权益，人民法院只能对合法的且不损害国家利益、社会公共利益和他人的合法权益的协议内容予以确认 。同时，调解书的送达程序也要符合法律的相关规定 。

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