醉驾检察院不予起诉也会有案底 。根据国家相关法律法规的规定内容可知，醉驾已经涉及到危险驾驶罪，是需要对其追究相关刑事责任的，所以肯定会留案底的 。
【法律依据】
《刑事诉讼法》第一百七十七条，犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有本法第十六条规定的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定 。对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定 。人民检察院决定不起诉的案件，应当同时对侦查中查封、扣押、冻结的财物解除查封、扣押、冻结 。对被不起诉人需要给予行政处罚、处分或者需要没收其违法所得的，人民检察院应当提出检察意见，移送有关主管机关处理 。
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