采集口咽拭子样本时，被采样者先用生理盐水漱口，采样人员将拭子放入无菌生理盐水中湿润 。被采样者头部微仰并保持不动，嘴张大，并发“啊”音，露出两侧咽扁桃体，采集人员将拭子越过舌根，在被采样者两侧咽扁桃体稍微用力来回擦拭至少3次，然后再在咽后壁上下擦拭至少3次 。
两种采集方法，被采样者均会稍感不适 。所以，在采样过程中，被采样者需配合采样人员的工作，不可过度活动头部，以免拭子划伤黏膜 。如采集过程中发生刺激性咳嗽，采集过程需暂停 。部分较为敏感的受检者可能会出现刺激性的干呕、恶心或者呛咳等不适，这时候最好用纸巾捂住口鼻，并尽量忍住，以免呕吐物或者痰液喷出造成污染 。
采样完成后还需注意什么?
为降低交叉感染风险，建议所有检测者，在采样结束后进行口罩替换，替换的口罩应丢弃在医疗废物桶或专用的口罩收集桶 。
采样完成后，尽量避免乘坐公共交通工具返程，如必须乘坐，乘车过程中应严格做好个人防护，具体保护措施与来时相同 。
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