激战后，三人败退 。忽然，克里斯漂浮了起来，似乎被鬼上身 。从他的话才得知，大蛇，苏醒了 。京、八神、神乐使用三神器与大蛇恶战，但无论怎样，他们都杀不死大蛇，并且大蛇的力量正在缓缓增加 。大蛇命令八神杀死京与神乐，八神却突然发狂抓住了大神的脖子，后来，三人激发三神器的力量，借助八神的身体，封印了大蛇 。
99年，格斗家们又一次收到了邀请函，但是这一次的比赛似乎规模并没有上两届的大，并且规则也有很大的改变，采用了援护制 。就在这之后，哈迪伦上校感到有些奇怪，开始了暗中的调查 。此次大会有一组新人，英雄队出现，但是红丸与真吾也参与其中作为临时队友 。由于京和八神的失踪，此次的大会也是由实力强劲的英雄队获得了冠军 。这时，哈迪伦突然发现世界各地出现大批克隆人战士和改造人战士，是阴森庞大的神秘组织，音巢NESTS的“杰作” 。而克隆人的本体，确是草薙京 。哈迪伦开始了全方位的打击 。而冠军队，英雄队，也是在一个基地中发现了克隆计划的负责人，古力查力度，古力查力度还声称K\'是他的克隆人，这让K\'十分恼火 。打败古力查力度后，基地被一个不明男人给销毁，古力查力度也与基地一起消失了 。
00年，如哈迪伦担心的一样，全世界的恐怖事件频频发生，闹得人心惶惶，于是哈迪伦与部下开始调查人造人马克西马、K\'的来头与行踪，就在这时，2000拳皇大赛准备开幕，向格斗家们发送了邀请函，但是哈迪伦与部下们没有想到的是，K\'竟然又一次参加了拳皇大会，这让哈迪伦很是苦恼，也开始预防音巢阻止的下一个动作，这场大会的目的究竟是什么？又会不会是一场真正的格斗大赛呢？格斗家们想着 。即将分出冠军之时，英雄队遇见了一位女孩，代号“kula\"，她二话不说就对K\'展开了攻击，但是被K\'击败，后来，K\'感化了库拉，并告诉了她音巢的真相，库拉至此与音巢为敌 。大赛的冠军依然是K\'所带领的英雄队，但是，哈迪伦突然收到了“凌”被杀害的消息，而英雄队却又见到了一位代号为“ZERO”的身穿战斗服的人，99年古力查力度的基地也是被他炸毁 。哈迪伦感到不妙，审问自己身边的“凌”后，发现自己身边的竟是复制人！而ZERO却和凌长得一模一样！哈迪伦立马展开调查，得知ZERO想要启动等离子大炮来背叛音巢组织 。哈迪伦本想引蛇出洞，但是为了安全，他还是展开了措施 。K\'打败ZERO后，ZERO说自己的大炮已经充能完毕，他会立刻发射，但是当他启动按钮时，却没有丝毫动静，他慌了，因为FOXY告诉他，大炮已经被库拉所控制并摧毁 。ZERO不信邪，但是最后自己被大炮所击中，也炸开了一条街道，被报为人造卫星坠落，炸断了自己的四肢，含恨而死 。
01年，此次大会的援护有了小许改动，但是却要比历代大会都要热闹，参赛的格斗家也是空前的多 。哈迪伦觉得这一次的大会不可能那么的简单，于是继续对音巢展开调查 。K\'在与音巢为敌后，一直在世界各地摧毁音巢的分部与设备，这让音巢人员十分恼火 。这一次的大会，让K\'感到意外和兴奋，因为音巢队也报名参赛，其中的K999视K\'为死敌，一心想要击败K\'来证明自己的实力 。这次热门的大会也是十分的精彩，K\'也是十分地卖力 。在被K\'击败后，怒气冲头却又觉得自己的行为十分幼稚，但是还是重伤了与自己一个队伍的FOXY，带着安琪儿离开了赛场，最后不知去向 。之后，冠军队英雄队被送上了一个飞艇，飞艇上出现了一位音巢高层人员“ZERO”，这让英雄队的队员们十分吃惊，ZERO告诉他们，00年的ZERO是自己的复制人，还告诉K\'，他可以送K\'去音巢的总部，但是必须满足他的期待 。ZERO有三个援护，分别是自己的黑狮子，99年后被自己救下重新改造的古力查力度，和血洗了飞贼村的首领龙 。ZERO战败后，炸毁了飞艇，送K\'去了音巢总部“钢之城” 。见到音巢NESTS的儿子，一番苦战后，伊格尼斯拖着重伤的身体引爆了钢之城，音巢组织也随着伊格尼斯的悲鸣结束掉了 。

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