由于流行性乙型脑炎急性期过去后 ， 大脑的某些部位尚存在充血、水肿等变化 ， 以及神经系统的某些部位发生变性或坏死 ， 因此极易留下后遗症状 。乙脑较为常见的后遗症可有下列数种 。
瘫痪
以肢体瘫痪最为常见 ， 其病变部位多在锥体束经过的各种部位中 ， 主要的表现为上运动神经元受损所致的强直性瘫痪 。常会伴有同侧的中枢性面瘫 ， 但脊髓灰质部(前角)的病变也经常存在 ， 故也可见到弛缓性瘫痪 。
语言障碍
有失语、失音、口吃等 ， 儿童出现此类症状较为多见 ， 一般多可在半年以内恢复 。
精神异常
为器质性精神病 ， 主要为炎症之后神经细胞的变性坏死而致皮质萎缩引起 ， 尤其以额叶发生病变时更为明显 。多表现有强迫观念 ， 抑郁症及精神分裂症 ， 一般儿童痛成人相比较少出现此类症状 ， 恢复时间及恢复过程 ， 大致与瘫痪相同 。
【乙脑有什么后遗症】癫痫
皮质运动区或其他部位 ， 在炎症之后形成瘢痕 ， 故可有刺激性而产生癫痫 。发病多在病后数月 ， 以1—5岁儿童较为多见 。
智力减退
为大脑皮质广泛受损而引起 ， 可表现为完全性痴呆 ， 一般多为呆笨、记忆力差、理解力不佳、读书成绩不好等 。
头痛
常有位置不定 ， 不太剧烈而经常发作的头痛症状 ， 无晕眩及恶心呕吐 ， 可能为炎症后脑膜发生部分粘连而致 。
其他症状表现
对环境了解 ， 但无法到达目的地 ， 如外出后不能白己回家 ， 可能为顶叶病变所致 。亦有出现视力或听力障碍、肢体发麻等症状 。

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