但是《伊苏：起源》出现后争议很大，其中最大的争议在于游戏的剧情方面被不少玩家讥讽为同人水准，这主要是因为托尔这个游戏中真正主角的剧情部分和两位女神有说不清道不明的暧昧关系，因为被很多系列老玩家认为是玛丽苏剧情进而否认该作存在的意义 。
另外一个争议较大的地方在于游戏的战斗系统变化不大，仅仅只是将系列以前的单一主角变成了三个主角，但是核心技能部分变化依旧不大，还是沿袭了《伊苏6》和《伊苏F》的那套系统，而这似乎也说明了《伊苏6》开创的那一套系统发展到了极致之后难以突破，已经进入了一个瓶颈状态 。
还有一个争议也能说明这款游戏遇到了瓶颈状态，即游戏的画面，因为依然采用了《伊苏6》的引擎，而这款游戏是2006年的时候发售的，游戏的画面比起同时代很多日本游戏都要显得落后了，而且2006年已经是PS2的末期，PS3也在当年11月发售，因此在那个时代来看《伊苏：起源》的画面，确实已经落后于时代了 。

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《伊苏：起源》的画面明显跟不上时代脚步了
值得说明的是，这款游戏非常奇怪的没有移植到任何平台，到目前为止只有PC版，要知道进入本世纪之后出现的伊苏系列正统作品大多都移植到了主机或者掌机上面，唯有《伊苏：起源》从来没有移植过，这款游戏本来定位就是外传性质，而且某种程度上而言似乎也是Falcom将《伊苏6》的引擎再次拿来使用以达到引擎利用率最大化的目的，对于Falcom这种小公司而言，开发一个引擎并不容易，反复多次利用引擎其实也在情理之中 。
主机平台的作品
Falcom似乎对主机平台一直念念不忘，所以在这一阶段，他们在NDS和主机平台上推出了多款作品，但是和以往一样，这些授权或者移植的作品大多反响平平 。
由Marvelous Interactive制作的《伊苏》最新作《伊苏Strategy》，对应平台为NDS，令人吃惊的是，该作不再是《伊苏》传统的ARPG，而是一款以在线联机为主的策略游戏，玩家要使用NDS的Wi-Fi功能连接到本作的WEB服务器进行游戏，在线游戏是免费的 。
《伊苏Strategy》的背景设定与RPG版的《伊苏》相同，处于世界混乱的大战争时期 。发售日为2006年春 。
在《伊苏Strategy》中，玩家操作大战争的世界中普通的居民，玩家从属的国家，人物风格都由玩家自己决定 。在本作中玩家可以作为普通的一分子在战争过程中了解原作宏大的世界观 。
这款游戏在当年公布后引起过一些热议，但是因为NDS平台名作实在太多，而这款游戏则缺乏突出亮点，因此推出后并没有引发太多反响 。

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NDS上的《伊苏Strategy》
除此之外是《伊苏6》的PS2版和PSP版，由于当年《伊苏6》实在太成功，而且PS2和PSP缺乏这种Q版形式的3D动作爽快游戏，所以这款游戏出现在主机平台颇有新鲜感，其中尤为值得一提的是KONAMI公司代理发行了这款游戏的PS2版和PSP版，并且加入了3D过场动画和新要素，可谓大手笔 。
除此之外，在PS2时代，falcom授权老牌日本游戏公司TAITO重制了伊苏系列的3、4、5三款作品，但是因为falcom授权作品多年来一直没有成功之作，这三款游戏也没能逃脱这种厄运，因此素质和口碑欠佳，并且因为在剧情和战斗系统方面改动过大引来很多玩家不满 。

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PS2上的《伊苏4》等TAITO制作的作品品质非常一般

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