唐开成五年（840） ， 回鹘为黠戛斯所破 ， 唐朝乘机攻回鹘 ， 并改变对摩尼教的优容态度 ， 会昌三年（843） ， 唐政府开始对摩尼教下手 ， 没收其寺院庄宅 ， 焚烧其书籍图画 ， 废寺入官 ， 流放其僧侣 ， 甚至“令杀天下摩尼师” ， 死者大半 。会昌五年武宗禁佛 ， 同时禁止各种外来宗教 ， 摩尼教正式被禁 。
在一百来年的时间里 ， 摩尼教迅速传播 ， 不能不对唐代社会的社会、宗教及文化思想产生影响 。在遭到禁断后 ， 又对下层社会的反抗产生了影响 。距摩尼教遭禁不过一百年 ， 后梁贞明六年（920） ， 发生母乙之乱（史称“末尼党类”） ， 另从宋代陆游所撰《条对状》所述江淮地区各类邪教的分布情况来看 ， 很容易发现摩尼教的踪迹（详下） 。
摩尼教之“吃菜” ， 即奉斋之意 。摩尼教在秘密状态下流传 ， 也保持了“不事荤酒”的特征 。从五代以后 ， 外人将摩尼教奉斋之举视为“吃菜” ， 供奉摩尼之像称为“事魔” ， 合称为“吃菜事魔” 。有的更直指为邪教：“吃菜事魔 ， 即今人所谓邪教也 。”
摩尼教的秘密流传 ， 与北宋末年江浙地区的政治经济形势呼应 ， 引发了震动两浙的方腊起义等造反事件 。元末农民起义一般认为系白莲教领导 ， 但明教的影响显然不能忽视 。当时 ， 在社会上流传着一首谶语性歌谣：“天遣魔兵杀不平 ， 世上能有几人平；待看日月双平照 ， 杀尽不平方太平 。”歌中的“魔兵”、“日月” ， 暗指“摩”、“明”二字 ， 与前述母乙之党奉摩尼之像为“魔王”同出一理 ， 折射出明教的信仰与起义军的反抗目标 。
明初朱元璋曾下诏并立法禁止包括明教在内的各种异端信仰 ， 但摩尼教的影响 ， 或许就象黑暗世界的影子 ， 处处体现在明清秘密教门及邪教的身上 ， 例如 ， 宋元时期 ， 明教活动于江浙闽赣 ， 而南宋时期出现的白莲宗也是以这一带为活动区域的；因其活动内容 ， 一个被称为“吃菜事魔” ， 一个被视为“白莲菜” 。两者的互相影响以至融合是不可避免的 。再如 ， 明中叶以后 ， 南传罗教几乎在相同的地点以燎原之势 ， 迅速传播 ， 成为浙、闽、赣等省的主要民间教派 ， 而摩尼教的历史传统和生命力依然在罗教各支派中发挥影响 ， 甚至后来人们一般把江南罗教诸支派都称为斋教或老官斋教 。
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