1659年（顺治十六年）正月，清军攻陷昆明，云南平定 。洪承畴上疏说，云南地方险远，少数民族众多，不易治理，要留兵驻镇，于是顺治以吴三桂为平西王留驻昆明 。他又看到云贵地区地瘠民苦，疏请发内帑赈济贫民，建议暂缓向逃亡缅甸的桂王余部进军，使战乱之后的云贵地区的社会秩序渐趋安定，生产开始恢复 。八月，洪承畴因年老体衰、目疾加剧，请求回京；翌年正月，奉旨解任回京调理 。
1661年（顺治十八年）正月，顺治死，子玄烨（康熙）嗣位 。这时洪承畴业已69岁，仍任大学士，却感孤独，于五月疏乞休致 。朝廷几经争论，康熙才授以三等阿达哈哈番母（轻车都尉）世袭四世 。
1665年（康熙四年）二月十八日，洪承畴卒于都门私邸，享年七十三岁，康熙恩赐祭奠如制、谥文襄公 。
洪承畴是一位比较复杂的历史人物，历来对他的评价褒贬不一 。他是明朝重臣，松山之败后降清，沦为贰臣 。若为中国古代忠君思想标定，确非忠臣 。洪承畴的墓地在北京海淀区车道沟 。文物部门曾进行过挖掘；“文革”期间墓地被破坏殆尽，但仍残留有石碑、龟趺、石人等雕塑，古木也很多；现仅存一对石狮子 。

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