交通肇事案件赔偿调解遵循的两个原则是：
(1)全面赔偿的原则 。
(2)公平、合理原则，既要保护被害人的利益，又要恰当维护被告人的权益，不能以赔代罚，多赔少罚，也不能因为被告人客观上不能多赔就加重对被告人的刑罚处罚 。

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【法律依据】
《道路交通安全法》第74条，对交通事故损害赔偿的争议，当事人可以请求公安机关交通管理部门调解，也可以直接向人民法院提起民事诉讼 。
经公安机关交通管理部门调解，当事人未达成协议或者调解书生效后不履行的，当事人可以向人民法院提起民事诉讼 。

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