吸烟影响卵母细胞的发育和卵泡的成熟 。尼古丁是烟草的主要成分，尼古丁和其代谢产物可以进入卵母细胞中，与细胞核和胞质上的蛋白结合，导致卵母细胞减数分裂混乱，从而影响卵母细胞的发育 。动物实验发现，吸烟破坏了雌鼠卵巢的组织结构，吸烟组雌鼠的卵巢充血性囊性退变，皮质萎缩，卵泡颗粒细胞排列紊乱，成熟的卵母细胞明显减少 。另外，有研究表明，吸烟者体内血管内皮生长因子受体的分泌量增加，卵巢的血管数量下降，血供减少，无法为卵泡的正常发育提供足够的营养物质 。
吸烟同样影响输卵管的功能 。吸烟导致输卵管上皮细胞水肿，伞端纤毛细胞和分泌细胞的比例变化，其“捡卵”的功能受到抑制，香烟中的氰化物还会使输卵管纤毛的摆动频率下降，影响精子、卵子和受精卵的输送，不仅降低了妊娠率，而且显著增加了异位妊娠的风险 。
吸烟对女性的卵巢功能也存在不良影响 。月经期基础性激素的检查可以一定程度上反应女性的卵巢功能，其中促卵泡生成素(FSH)的水平对于评估女性卵巢功能至关重要 。有研究显示，经常吸烟的女性基础FSH的水平比不吸烟的女性高出66%，被动吸烟者的基础FSH比不吸烟得到女性高出39% 。
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除此之外，吸烟还会降低辅助生殖技术(ART)的成功率 。尼古丁具有抗雌激素作用，镉及多芳香烃也会影响雌激素合成和新陈代谢，吸烟者需要更大剂量的促性腺激素来进行卵巢刺激且获卵数低 。另一方面，透明带的厚度是影响种植率和妊娠率的重要因素，受精后，透明带逐渐变薄，有利于胚胎的孵出，吸烟者和不吸烟者相比，透明带的厚度明显增厚，可能也是造成ART成功率低的原因之一 。
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