有人谈到益生菌可以预防和治疗一些过敏性疾患 ， 如哮喘、过敏性鼻炎、异位性皮炎等 ， 经过临床研究结果显示益生菌对改善哮喘病临床症状无任何功效 。医学界对益生菌在过敏性鼻炎的疗效仍持质疑的态度 。益生菌在异位性皮肤炎的治疗作用医学界还没有定论 。
长期应用益生菌会对人体构成潜在的危害 。医学研究证明：人体长期使用人工合成的益生菌产品 ， 会促使肠道功能逐步丧失自身繁殖有益菌的能力 ， 久之人体肠道便会产生依赖性 ， 医学上称之为“益生菌依赖症” 。而人体一旦患上“益生菌依赖症” ， 终生都将依靠和使用人工合成的口服益生菌产品来维持生命的健康状态 。
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