纳税人可以通过远程办税端、电子或者纸质报表等方式向扣缴义务人或者主管税务机关报送个人专项附加扣除信息 。纳税人既可以选择纳税年度内由扣缴义务人办理专项附加扣除，也可以选择年度终了后向税务机关办理汇算清缴申报时享受专项附加扣除 。也就是说个税专项扣除，可以由本人自行申报，也可以选择由企业进行申报 。
法律依据：
《个人所得税法》第十五条
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公安、人民银行、金融监督管理等相关部门应当协助税务机关确认纳税人的身份、金融账户信息 。教育、卫生、医疗保障、民政、人力资源社会保障、住房城乡建设、公安、人民银行、金融监督管理等相关部门应当向税务机关提供纳税人子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息、住房租金、赡养老人等专项附加扣除信息 。
个人转让不动产的，税务机关应当根据不动产登记等相关信息核验应缴的个人所得税，登记机构办理转移登记时，应当查验与该不动产转让相关的个人所得税的完税凭证 。个人转让股权办理变更登记的，市场主体登记机关应当查验与该股权交易相关的个人所得税的完税凭证 。
有关部门依法将纳税人、扣缴义务人遵守本法的情况纳入信用信息系统，并实施联合激励或者惩戒 。
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