农村土地流转纠纷的原因有：
1.土地承包权不清 。土地流转过程中农户间的纠纷可以归结为承包权不清引起的经济纠纷 。
2. 农民缺乏维权意识和法律知识 。在生活实践中，大多数农民不熟悉土地流转的方式，大多采用口头协议形式，缺乏必要的书面形式 。
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3.行政干预、权力滥用侵蚀农民利益 。很多农村土地纠纷产生是因为村级组织和政府职能部门的权力滥用，损害农民利益 。
4. 管理机制不健全 。
农村土地流转纠纷的解决方法是：
1. 明晰产权，协调利益关系 。明晰的产权关系和产权各项权能主体权利义务范围的明确界定是实现农村土地流转的必要前提 。
2. 完善对被征地农民的补偿安置制度，健全最低生活保障体系 。完善农地非农化过程中对被征地农民的补偿安置制度，制定合理可行的农地补偿标准 。
3.加强对失地农民的就业培训，增强其再就业能力 。
4. 进行适当的就业安置，稳定承包关系 。
法律依据：
按照《农村土地承包法》第37条规定，
土地承包经营权流转，当事人双方应当签订书面合同 。采取转包、出租、互换或者其他方式流转土地承包经营权的，应当报发包方备案 。
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