卢循并未采取积极措施争取主动地位 。他声言要夺取荆州，据上游与东晋政权抗争，实际上却举棋不定 。他没有趁东晋上下游之间的联系尚未恢复，卢军又在寻阳附近打败荆州增援建康的军队的有利时机，率主力攻取江陵，而只是派兵阻击增援荆州的索邈，遣为人“愚懦，无他奇计”的部将苟林象征性的进攻江陵，并声言徐道覆已攻克建康，企图取得不战即胜的效果 。荆州刺史刘道规与雍州刺史鲁宗之通力合作，坚守设防，主动出击，轻而易举地在九月份打败势单力薄、又无后援的苟林 。苟林亦被杀 。十月，卢循又遣徐道覆率众三万进攻江陵，被刘道规打败，义军损失惨重，几乎全军覆灭 。江陵战役的失败，是卢循军由优势转为劣势的标志 。十月，刘裕“治兵大办”，遂率兖州刺史刘藩、宁朔将军檀韶等舟师攻伐义军 。十一月，攻占彭蠡湖口的南陵，对义军由汉水南归广州的咽喉要地形成威胁 。卢军损失舟舰百余，士卒五千 。与此同时，孙处率水军至番禺城下，利用卢军广州守兵不以海道为防之机，纵火烧焚义军舟舰，乘大雾“悉力而上，四面攻之，即日屠其城”，孙处又“抚其旧民，戮其亲党，勒兵谨守”（《宋书·武帝纪》） 。卢循军丧失了广州根据地，致使“无所归投” 。
在这种情况下，卢循不得不考虑与刘裕所率领的舟师展开会战 。他在“治兵旅舟船，设诸攻备”的同时，扬言不攻屯驻在雷池（今龙感湖，安徽望江以东）内的刘裕，只是想顺江而下，以迷惑对方 。但刘裕并未受惑，他进驻位于雷池入江口处的大雷戍（今安徽望江），又遣部将王仲德以水舰二百艘戍守下游的吉阳，设置二道防线，以防止起义军顺江入海 。
十二月，卢循、徐道覆率众数万人自寻阳出发，“方舰而下，前后相抗，莫见舳舻之际”（《宋书·武帝纪》） 。在大雷附近，与刘裕展开激战 。刘裕在西岸设置大量步骑，又以“轻利斗舰”，“万钧神弩”向义军水师发起进攻，迫使义军舟舰在风水之势下，不得不“悉泊西岸” 。这时，刘裕设置的岸上步骑，“先备火具，乃投火焚之，烟焰张天，贼众大败，追奔至夜乃归” 。卢循回守寻阳 。他见刘裕军盛，遂决定顺赣水向广州撤见刘裕军盛，遂决定顺赣水向广州撤退 。他在左里（今鄱阳湖口）设置木栅以阻刘裕，使大军顺利南下 。但刘裕亲率水师，悉力攻栅而进，卢循军虽“殊死战，弗能禁”，遂大败于彭蠡湖（今鄱阳湖），义军损失达万余人 。卢循收散卒数千人，向广州撤退，徐道覆退守始兴 。义熙七年（411）二月，追讨卢军的兖州刺史刘藩等到达岭南 。刘藩部将孟怀玉围攻始兴，“身当矢石，旬月乃陷”（《宋书·孟怀玉传》），徐道覆遇害 。三月，卢循在追兵未到时，围攻孙处镇守的番禺，双方相持二十余日，久攻而城未下 。刘藩在击败徐道覆后，派沈田子引兵救授番禺，败卢循于番禺城下，义军损失万余人 。卢循向南撤退，攻克合浦（广东合浦东北） 。孙处、沈田子摄踪而来，卢循弃合浦而撤往交州 。交州刺史杜慧度领州府文武拒循，循兵败 。循率余众三千，与晋叛将原九真太守李逊的余部李脱汇合，又集俚獠族五千余人，登舟至交趾郡龙编县南津（今越南慈仙、仙越地区），与杜慧度再战 。杜慧度用步军于两岸夹射，又投掷雉尾炬焚烧其舰 。卢循军败 。他见大势已去，鸩杀妻子十余人，又召妓妾问曰：“我今将自杀，谁能伺者？”妓妾多不愿从命，只有少数人愿与同死 。于是卢循先杀了那些不愿自杀者，然后投水自尽 。
卢循在孙恩死后，重整旗鼓，建广州根据地，率浩荡舰队，纵横溯洄于湘赣二水，东征西战于大江上下，大败何、刘等北府名将，几乎置刘裕于必死之地，给予东晋皇朝以沉重打击 。但他缺乏远大的战略目标，意志薄弱，指挥无方，作战无力 。他两次受命于东晋皇朝，安居广州，无意北进；多次贻误战机，临阵少决，不能采纳部属正确的意见，无会战克敌，力争胜利的决心和勇气 。终于导致变优势为劣势，变主动为被动，最后竟全军覆没，一败涂地

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