秦朝取代周朝的理论，就如《封禅书》上记载的：
一个“火德”，一个“水德”，所以周朝被秦朝“克”，是天意，是命中注定 。妖言帮助了政权，政权又推销了妖言 。就这样，原本“怪迂”的、不生不死的“阴阳五行”，在秦朝成了一门辉煌的“显学” 。
邹衍的著述有《邹子》四十九篇和《邹子终始》五十六篇，都已亡佚 。不过，其他古书里（如《吕氏春秋》）还保存着其学说的记录 。《吕氏春秋》的记录也为后来者继续扯淡提供了基础 。
到了“独尊儒术”的汉朝，董仲舒又来鼓吹这种妖言 。在《春秋繁露》的82篇中，没有一篇不是谈“天人合一”与“阴阳五行”的 。谈“阴阳五行”的篇目虽然只有38篇，但在内容上却至少占据了70% 。董仲舒在邹衍的五行相克的基础上，还发展出了五行相生，五行顺逆 。
董仲舒有言：“天地之气，合而为一，分为阴阳，判为四时，列为五行 。五行者，比相生而间相胜也” 。董仲舒用这套学说来到处乱套，从人际伦常到上升到政治权力，强化了纲常礼教、君权神授 。
根据上面的陈述，对阴阳五行的发展，我们可以做出这样的结论：
“阴阳”和“五行”原本是独立发展的，其意思也并不复杂 。但在一帮“阴阳人”和“阴阳书”的鼓吹之下，开始玄乎起来 。邹衍将“阴阳”“五行”合流成“阴阳五行”，提出了一套系统的学说，并被秦始皇拿去大用特用，以证明其政权的合法性、先验性 。这种思想又被董仲舒等人接过来，大大的发挥 。“阴阳五行”直到清朝结束才开始弱化 。
阴阳五行发展的多条脉络，都不明确，但有两条是比较清楚的：

1. 《易传》→老庄
2. 《洪范》→邹衍（含其他的阴阳家）→《吕氏春秋》→董仲舒等等

从此，古代的士大夫在思维模式上，很少能够摆脱“阴阳五行”的束缚；关乎发展的科技，基本上都受到阴阳五行的牵制；关乎生死性命的医药，皆是“阴阳五行”观念下的产物 。换句话说，中国文化在二千年内没有产生一个实证理性的科学传统，全“阴阳五行”搞的鬼 。
直到二十一世纪的今天，在一个要走向现代化、科学化、民主化的转型社会，“阴阳人”还到处横行 。一个个连基本物理学常识都不具备的国学大师、传统妄人，在那里高深莫测的大谈“阴阳”“宇宙”“老子指出了宇宙大爆炸”；中医有了“科学院”；风水也成了“一门科学”；算命的走进了地方政府；到处是“易学研究会”，到处是公祭磕头、烧香拜神 。总之，乌烟瘴气 。
四. 失灵的阴阳·举例古文里，阴阳五行的概念极为混乱，全宇宙它都通吃 。要批判它，又很难抓到它的根本 。用余云岫的话说：
为了使指摘清晰，我们可以把“阴阳五行”和“中医”结合在一起批判 。余云岫在早在《灵素商兑》中就把阴阳五行批透了，我这里只总结一下即可 。
所谓阴阳，就好比动物有雄雌、物体有表里、状态有动静、光线有明暗、温度有热寒、高度有上下、数有盈虚，等等等等，世间任何事物均可以分为正反的两个方面 。这是一种二分法 。根本无甚高深 。
中医开山宝典《灵素》中说：“阴阳者，天地之道也，万物之纲，变化之父母，生杀之本始，神明之府也，治病必求其本 。”（《素问·阴阳应象大论》），可谓厉害非常 。可是，到底什么是阴阳呢？“阴阳者，有名而无形”（《灵枢·阴阳系日月》），像这样来定义概念，不是纯粹扯淡吗？
阴阳无所不在，无所不包，无所不能，无所不解释 。阴阳之间，对立统一，互相制约，互相转化，互相依存，此消彼长 。一个健康的人，必然是一个“阴阳调和”的人 。一旦阴阳失调，就好象内分泌失调，麻烦就大啦，“阳胜则阴病，阴胜则阳病 。阳胜则热，阴胜则寒 。重寒则热，重热则寒 。”（《素问·阴阳应象大论篇》）

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