对于多宝鱼来说， 这只是“东西” 。 过了一年多才真正遇到“台风” 。
2006年11月17日， 上海美国食品药品监督管理局对从批发市场、连锁超市、酒店等地采集的30条冰鲜多宝鱼进行了抽检， 均检出硝基呋喃类代谢物， 部分样品还检出多种禁用或限用渔药残留 。 上海监管部门发布“消费警示”， 提醒市民谨慎食用多宝鱼 。
2006年11月17日， 针对全国各地销售的多宝鱼药物残留超标事件， 国家美国食品药品监督管理局立即组织对沿海相关省市水产养殖环节进行专项检查， 及时报告检查结果和发现的问题 。 农业部确认， 山东省3家企业在养殖过程中使用了氯霉素、孔雀石绿、硝基呋喃等非法兽药 。
当时的多宝鱼其实是一个“多宝瓶”， 里面装着各种兽药、鱼药甚至是人药 。
， 查出的禁用、限用药物就有恩诺沙星、环丙沙星、氯霉素、孔雀石绿、红霉素、硝基呋喃类代谢物、呋喃西林、环丙沙星、孔雀石绿、土霉素等 。 这些药物， 对人体有很大的毒害作用， 其中， 呋喃西林和孔雀石绿是典型的二种禁药 。

养殖过程中， 多宝鱼一旦吃太饱容易患肠炎并停止生长 。 以往养殖户都是用土霉素给鱼调解消化， 但土霉素贵， 为了降低饲养成本， 用呋喃西林代替， 但多宝鱼吃后最快两年才能排泄掉， 人吃后就一直残留在体内， 如果长期食用含有呋喃西林的多宝鱼， 可诱发各种疾病， 甚至致癌或致畸胎 。

孔雀石绿是人工合成的有机化合物， 既是染料， 也是杀真菌、杀细菌、杀寄生虫的药物， 长期超量使用可致癌 。 孔雀石绿比呋喃西林使用的范围要广 。 在养殖中使用， 可防治白点病、水霉病、烂鳃病（原生虫）、鱼波豆虫、斜管虫、车轮虫等十几种鱼病；运输过程中， 为了使鳞受损的鱼延长生命， 鱼贩也常使用孔雀石绿 。 孔雀石绿不仅针对多宝鱼， 所有的海水和淡水养殖产品都有使用， 所以它在禁用鱼药中的名气很大 。 多宝鱼为冷水性鱼类， 对环境条件要求水质清洁无污染， 所以， 在以前， 孔雀石绿的使用频率较高 。

2006年11月中旬， “多宝鱼”事件一出， 市场马上作出反应， 上海的多宝鱼就是卖5元钱一斤， 也无人问津， 到底性命最重要 。 当年， 山东的多宝鱼的养殖户很“委屈”：你们上海人也真是娇， 这种多宝鱼也吃不死人， 你们这样做， 我们的多宝鱼卖不出去了， 亏损严重 。

2007年初， 山东烟台一个多宝鱼养殖户说， “多宝鱼事件”后， 市场遭受了毁灭性打击， 他的企业有70万尾多宝鱼面临滞销的命运， 虽然恢复销售， 但情况依旧不佳， 原先每天可以卖出3000斤， 如今一天最好也就200斤左右， 尤其是部分大饭店， 依旧停止进货 。 据说当年整个山东多宝鱼养殖户亏损10多个亿 。

事实上， 多宝鱼养殖户和经销商， 都清楚当时的多宝鱼毒性较强， 所以， 从来不食用他们养殖或经销的多宝鱼 。

多宝鱼在2005年5月山东济南初次检出孔雀石绿， 到2006年更大影响的“多宝鱼”事件， 下游的市场反应， 很快传导到上游的养殖， 2006年和2007年的全国多宝鱼产量分别降到63490吨和66549吨， 而2005年的多宝鱼产量为76884吨 。

通过上海和山东两地水产行业协会的努力， 在优质多宝鱼上挂上防伪牌 。 更绝的是辽宁大连以全新方法养殖的多宝鱼抢滩上海市场：打海水井， 抽取深海地下50米至60米深的井岩水养殖多宝鱼， 这种水温在14摄氏度左右， 与多宝鱼在大西洋“老家”的自然环境十分相似， 这样多宝鱼不易生病， 就不需用什么呋喃西林和孔雀石绿等违禁药物了 。