蒙古贵族帖木儿推翻西察合台汗国而自立，自称可汗，并吞并伊儿汗国，史称帖木儿帝国 。帖木儿帝国版图辽阔，最盛时领土东西从德里到大马士革，南北从咸海到波斯湾 。
大明与帖木儿帝国
帖木儿野心勃勃，曾先后吞并西察合台汗国，大败东察合台汗国，兼并伊儿汗国，挫败钦察汗国，生擒奥斯曼土耳其帝国苏丹后，无奈在与大明决一死战的路上病死，之后帖木儿帝国因争夺汗位而开始衰落 。
帖木儿帝国最终在公元1507年灭于波斯、中亚的黑羊王朝和白羊王朝 。
金帐汗国则统治今俄罗斯地区，直至公元1502年灭于莫斯科大公国之手 。
俄罗斯沿着金帐汗国的老路崛起
至此，蒙古帝国全部被本土文明推翻，开始退出历史舞台 。
3、明代的鞑靼与瓦剌
大明时期，北元灭亡后，分裂为鞑靼（东蒙古）和瓦剌（西蒙古） 。
其中，鞑靼诸部首领都出自成吉思汗家族，而瓦剌首领则是异姓 。永乐七年，公元1409年，蒙古瓦剌部投靠了大明，成了明朝的藩属 。
瓦剌、鞑靼与亦力把里
鞑靼在明末清初分别被称为“漠南蒙古”和“漠北蒙古”，也就是内蒙古和外蒙古，瓦剌被称为“厄鲁特”或“卫拉特”，也就是“漠西蒙古” 。
4、清初的漠南、漠北和漠西蒙古
【元朝灭亡之后的蒙古帝国是怎样消失在历史的长河中的？】漠北、漠南、漠西蒙古三部
漠南蒙古主要为科尔沁和察哈尔部 。
公元1635年（明崇祯八年，后金天聪九年），察哈尔部林丹汗去世后，皇太极俘林丹汗妻子，察哈尔部被征服 。此后其属喀喇沁、土默特和鄂尔多斯诸部，亦尽皆归附，漠南蒙古为后金所统一 。
公元1636年（明崇祯九年，清崇德元年），漠南蒙古16部49个封建主，同满汉贵族一道共推后金国主皇太极为皇帝，漠南蒙古正式纳入后金即后来的大清版图 。
漠北蒙古即今蒙古国 。
清初，漠北蒙古为喀尔喀蒙古部，清朝在入关以前已经与喀尔喀蒙古三大汗──土谢图汗、札萨克图汗、车臣汗建立了联系 。
康熙年间，喀尔喀蒙古三部之间发生纷争 。
1688年，漠西蒙古准噶尔部噶尔丹汗乘机向喀尔喀大举进攻，土谢图汗等猝不及防，拒战失利 。沙俄趁喀尔喀战败，向其上层人物威逼利诱，要他们投降俄国以寻求保护 。经哲布尊丹巴呼图克图倡议，喀尔喀蒙古举旗投清 。
1691年，康熙亲至多伦诺尔，举行会盟仪式，漠南蒙古49旗王公、漠北蒙古各部之王齐集，康熙宣布喀尔喀蒙古实行旗制，漠北蒙古正式纳入清朝版图 。
漠西蒙古即今新疆地区
明清时期的西域属于漠西蒙古，漠西蒙古主要是准噶尔部 。
清初，西藏黄教派人到准噶尔认定噶尔丹为西藏尹咱呼图克图的第八世化身，将不到10岁的噶尔丹请到西藏班禅和达赖处学佛法 。
1670年，其兄僧格珲台吉在准噶尔贵族内讧中被杀 。噶尔丹得到达赖允许而还俗，赠之“博硕克图”佳号，自西藏返回，击败政敌，成为准噶尔部珲台吉 。
清与准噶尔对峙
噶尔丹夺得准噶尔统治权后，便积极向外扩张，一统漠西，建立准噶尔汗国 。
噶尔丹时期的准噶尔汗国是称雄西域的大国，在当时的亚洲与大清和沙俄三足鼎立 。
1688年，噶尔丹趁漠北喀尔喀蒙古蒙古内斗，欲一统蒙古 。
1690~1696年，康熙三征噶尔丹，成功阻止了准噶尔的东进，并将漠北喀尔喀蒙古纳入版图 。
而清朝平定准噶尔的战争旷日持久，起于1690年（清康熙二十九年），迄于1757年（清乾隆二十二年），历经康熙、雍正、乾隆三朝，历时68年，最终将漠西蒙古准噶尔部纳入版图 。

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