实践中，交通肇事罪与重大责任事故罪看似容易区分，只要区分行为人侵害的法益即可，但现实中对于在公共交通领域从事营运活动的交通运输组织来说，航道、公路既是公共交通领域，也是其生产经营场所，“交通运输法规”同时属于交通运输组织的“安全管理的规定”，一些重大交通事故的发生往往表面上是违反交通运输管理法规，实质上存在生产、作业中违反有关安全管理规定的行为，存在一因多果的现象 。
“检例第97号”案例就包含了公共交通领域重大交通事故案件一些共性特点：一是涉案人员的多样性 。 既有直接从事生产、作业的人员，又有投资人、实际控制人等，还可能涉及相关负有监管职责的国家工作人员 。 二是行为人违法多样性 。 行为人既有未取得经营资质和安全生产许可证、未制定安全生产管理规定或规章制度、不提供安全生产条件和必要设施、长时间违规作业等行为，也存在违反交通运输法规，如无证驾驶、超载等情况 。 因此，在公共交通领域的重大交通事故中如何准确区分交通肇事罪和重大责任事故罪，是司法实践中的一大难题 。
如何认定因果关系与行为性质
如何有效收集、运用证据准确指控上述犯罪，解决司法实践难题，“检例第97号”案例中的具体办案路径为司法实践提供了很好指引，具体体现以下两点：
一是厘清因果关系准确适用罪名 。 交通肇事罪与重大责任事故罪两者均为公共安全犯罪，有效厘清因果关系有利于实践中解决此罪与彼罪的区分问题 。 首先应该确定实践中的实质因果关系链条，不能仅仅局限于表面的直接因果关系，或者因为偶然因果关系导致的结果而忽视必然因果关系带来的影响 。 如果行为人违反了安全管理法规，不具有安全经营资质是危害结果造成的决定性因素，由于未按照规定实施安全运营的细则，所以导致经营具有安全隐患，由此已经对法益造成了现实上的危险，在行为人未对危险进行排除的情况下，之前造成的安全隐患对危害结果的发生具有实质因果关系 。 而后的驾驶不当等行为虽然对危害结果的产生有直接的因果关系，但实际上由此对案件进行定性是片段的因果链条 。
在“检例第97号”指导性案例中，夏某某等人违反安全管理的规定，使其生产运营长期处于危险状态中，并未对危险状态进行排除，从而合乎规律地产生了危害结果，其与危害结果之间有着必然的因果关系和实质的因果关系 。 案发当天，夏某某、刘某某进行超载运输、无证驾驶，只是一个偶然的因果关系和直接因果关系 。 夏某某等人为事故船舶的主要经营管理人员，对危害结果的产生在因果链条上负有主要责任，构成重大责任事故罪 。 在审前阶段，检察官从必然的、直接的因果关系入手，引导侦查机关补充联营过程中股东的职责和责任、渡船行业标准、联营体过往违法行为等证据，完善了重大责任事故罪的因果链条 。
二是根据行为人的行为以及职责不同，客观全面准确评价行为人的行为，对其行为进行定性，从而更好地进行刑事责任的追究 。 要对行为人行为主要违反的是安全管理法规还是交通安全法规予以考量裁定 。 若行为人身份为主要投资人和主要管理人员，其行为主要违反了安全管理的规定，使生产经营处于危险状态并且未对危险状态进行有效的排除，应认定为重大责任事故罪 。 若行为人的职责既是投资人又是驾驶人员，其行为既违反了交通法规又违反了安全管理规定，为了更加全面地评价行为人的行为，其行为在大的范围内重合，应当认定重大责任事故罪 。 如果仅为驾驶人员，其主要违反的是交通法规，可以认定为交通肇事罪 。

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