肺炎治疗离不开病原体的诊断，下呼吸道分泌物或痰无疑极易受到污染 。有慢性气道疾病者、老年人和危重病病人等，其呼吸道定植菌明显增加，影响痰中致病菌的分离和判断 。
另外, 应用抗菌药物后可影响细菌培养结果 。因此，在采集呼吸道标本进行细菌培养时尽可能在抗菌药物应用前采集，避免污染，及时送检，其结果才能起到指导治疗的作用 。目前常用的方法有：

1. 痰：采集方便，是最常用的下呼吸道病原学标本 。采集后在室温下 2 小时内送检 。先直接涂片, 光镜下观察细胞数量，如每低倍视野鳞状上皮细胞 < 10 个, 白细胞 ＞ 25 个，或鳞状上皮细胞：白细胞 < 1：2.5，可作为污染相对较少的「合格」标本接种培养 。痰定量培养分离的致病菌或条件致病菌浓度 ≥ 107 cfu/mL，可以认为是肺部感染的致病菌；≤ 104 cfu/mL 则为污染菌；介于两者之间建议重复痰培养；如连续分离到相同细菌，105~106 cfu/mL 连续两次以上, 也可认为是致病菌 。
2. 经支气管镜或人工气道吸引：受口咽部细菌污染的机会较咳痰为少，如吸引物细菌培养其浓度 ≥ 105 cfu/mL，可认为是致病菌，低于此浓度则多为污染菌 。
3. 防污染样本毛刷：如细菌 ≥ 103 cfu/mL，可认为是致病菌 。
4. 支气管肺泡灌洗：如细菌 ≥ 104 cfu/mL 防污染 BAL 标本细菌 ≥ 103 cfu/mL，可认为是致病菌 。
【「合格」的痰标本的标准是? 细菌浓度达到多少考虑是致病菌？】5. 经皮细针吸检和开胸肺活检：敏感性和特异性均很好，但由于是创伤性检查，容易引起并发症，如气胸、出血等，临床一般用于对抗菌药物经验性治疗无效或其他检查不能确定者 。
6. 血培养和胸腔积液培养：肺炎病人血培养和痰培养分离到相同细菌，可确定为肺炎的病原菌 。如仅为血培养阳性, 但不能用其他原因如腹腔感染、静脉导管相关性感染解释菌血症的原因，血培养的细菌也可认为是肺炎的病原菌 。胸腔积液培养到的细菌则基本可认为是肺炎的致病菌 。由于血或胸腔积液标本的采集均经过皮肤，故其结果须排除操作过程中皮肤细菌的污染 。
7. 尿抗原试验：包括军团菌和肺炎链球菌尿抗原 。
8. 血清学检查：测定特异性 IgM 抗体滴度，如急性期和恢复期之间抗体滴度有 4 倍增高可诊断，例如支原体、衣原体、嗜肺军团菌和病毒感染等，多为回顾性诊断 。

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