1987年《土地管理法》实施后，农民集体经济组织成员建房占用的宅基地，超过批准面积建设的，不予确权登记 。符合规划经依法处理予以保留的，在补办相关用地手续后，只登记批准部分的，超过部分在登记簿和证书上标记 。
历史上接受转让、赠与房屋占用的宅基地超过当地规定面积标准的，按照转让、赠与行为发生时对宅基地超面积标准的政策规定，予以确权 。
2、农村宅基地面积超了需要收费的情况
宅基地有偿使用主要分为4种主要类型情况：
（1)根据不同情形确定不同的收费标准，比如因继承等原因造成的内部流而导致的面积超标，会确定区别于其他的收费情况的标准 。
（2）根据宅基地不同区域、不同地段设置不同的收费标准 。
（3）按照超过部分的面积大小，按照阶梯累计进行有偿使用收费，比如参考湖南汨罗市川山坪镇宅基地有偿使用费标准：
房屋占地面积：180㎡（含）以下不收费；超出面积1~30㎡部分，5元/㎡（暂缓收费）超出面积30~60㎡部分，8元/㎡超出面积60~100㎡部分，10元/㎡，超出面积100~150㎡部分，12元/㎡，超出面积150㎡以上部分，15元/㎡
附属用房、偏杂屋：1~30㎡，5元/㎡；30~60㎡，7元/㎡；60~90㎡，9元/㎡；90~120㎡，11元/㎡；120㎡以上，13元/㎡ 。
庭院（围墙内地坪）：1~500㎡部分，2元/㎡，500~1000㎡部分，3元/㎡，1000㎡以上部分，4元/㎡
“一户一宅”超面积标准的，有偿使用费实行阶梯式计费 。“一户多宅”的 。其中一宅基地超起征面积的，超过部分与多宅基地部分累计按照阶梯式计费；一宅基地未超起征面积的，多宅基地部分扣除起征点之后多余部分按照阶梯式计费 。
（4）根据占有、使用宅基地的主体的不同身份，确定不同的收费标准 。
【最新农村宅基地测量标准 土地法规定宅基地面积】由此可见，超面积的宅基地在确权时，需要根据实际情况处理，村民应当结合自己的实际情况，正确认识宅基地超面积后的确权登记问题 。