这些违反常识和真理的妄说和做法对医学造成了很大的侵害，李时珍的日常工作也被打乱了 。身为一名有正义感和科学精神的医生，他不再保持沉默，而是对此进行了揭露和抨击 。
炼丹术士炼丹，方法虽有很多种，但其成分大多离不开水银、雄黄、砒霜、丹砂、铅等等，这些物质，现代人听起来都觉得可怕，把它们混合起来炼成丹药，吃到肚子里，后果可想而知 。李时珍一针见血地指出，水银混在丹砂里面，是极毒的东西，人吃下去，会入骨钻筋，绝阳蚀脑 。为了让更多的人相信自己的说法，李时珍举宋代学者沈括表兄的例子说，此人误将一块丹砂当成药丸吞下，不久就糊里糊涂，不省人事，一夜间就死了 。还有一个唐朝的官僚，信了术士的邪说，服了他的丹砂，结果便血四年而死 。他还引述宋代医家寇宗奭的话说，人的躯体是血肉生成的，靠吃水谷得到营养 。不吃五谷杂粮、蔬菜水果，反而吃人体不能消化且有毒性的丹砂、水银，这不是自寻死路吗？最后，李时珍总结道：六朝以来，贪生怕死的人吃丹药，求神仙，而导致终身残废甚至丧命的不知有多少，炼丹术士骗人骗己，他们的话不能信 。
需要指出的是，李时珍虽然反对术士炼丹，但对于炼丹术在医药学方面的作用还是肯定的 。他指出，古代许多药物的制法原是脱胎于术士的炼丹法，于是他批判地研究了《抱朴子》之类的炼丹书，从中摘录了大量材料，并进行试验，从而得到了许多炼制化学药物的方法 。这些成果，都写进了《本草纲目》这部书中 。
这就是李时珍对迷信邪说和炼丹术的基本态度，充分体现了他在医学科学领域中实事求是的精神和朴素的唯物主义思想 。


立志修订“本草”


“本草”指的就是中药 。中药内容丰富，种类繁多，其中以草木类植物药占多数，所以称中药为“本草”，凡是讲药物的书都以“本草”命名 。
我国现存最早关于“本草”的书应该是汉代的《神农本草经》，它总结了秦汉以前我国研究药物的成果，记载了360余种药物 。后来，历代医家陆续编写了不少“本草”的书 。像南朝时期的陶弘景写过《本草经集注》，补充了魏晋间医生常用的药物360余种 。唐朝人苏敬（后更名苏恭）奉朝廷之命编了《新修本草》，又增加药物110余种 。宋朝修的“本草”书较多，有刘翰、马志的《开宝本草》，掌禹锡、林亿的《嘉祐本草》等，增加了许多外国药物 。特别是四川名医唐慎微编修的《经史证类备急本草》（简称《证类本草》），收药达1740余种，是历代“本草”书中比较完备的一部 。
李时珍生活的年代距《证类本草》的修成又过去了400多年，此时，药物学的知识有了新的发展；矿业生产的增加，提供了新的矿物药；对外贸易的发达，使许多新的外国药物传入中国；李时珍经过行医实践，也开始感觉到原有“本草”类的书与现时医学、药物学的发展有着很大的距离 。再有就是堪称完备的《证类本草》，也有很多错误和不完善的地方 。比如，有一种多年生草本植物，叫萎蕤，用它的根入药，可以治疗虚劳寒热等症；另有一种藤本科植物，叫女萎，其根、茎、藤都可入药，主要作用是解毒，可以治疗痢疾，能排脓、消肿 。但《证类本草》却说二者是一种药物，这是一个不应当出现的错误 。又如，《证类本草》中还提到一种叫虎掌的植物，唐朝人根据虎掌又圆又白的特点，称其为天南星 。唐慎微没有做细致考察，把同一植物的两个名字当成了两种植物 。
李时珍越来越感到问题的严重性，他认为如果按照错误的记载来看病，药方开得再好，药物弄错了，仍然达不到治疗的目的，有时甚至会适得其反 。此外，新的药物和药物学知识也应该进行整理和利用，以便更好地对病人进行治疗 。

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