新中国成立后，多伦县人民政府从2000年开始对汇宗寺采取抢救措施，在财政并不宽裕的情况下陆续拨出巨款进行修复，此项工作还在继续进行之中 。2001年被列入全国重点文物保护单位 。
2005年，中兴第一任住持阿格旺·希日布道尔吉，不辞辛劳，曾三上青海，迎请了三世佛及阿弥陀佛、药师佛等十尊鎏金大铜像，藏文大藏经《甘珠尔》、《丹珠尔》，征选优秀喇嘛，于2005年农历6月16日隆重举行汇宗寺重新开光大典及多尔吉住持坐床仪式，人山人海，盛况空前，从而使废弃几十年的著名古刹重放昔日光彩 。如今，在多尔吉住持喇嘛亲自引导下，汇宗寺全体喇嘛贯彻落实党和国家的民族宗教政策，发扬爱国爱教的优良传统，遵纪守法，戒律清净，认真学习蒙、藏、汉佛学经典及五明学科，热情实施蒙藏医疗服务，解除大众身心痛苦，为维护民族团结、社会稳定服务，为倡导人类和平幸福，推动佛教事业健康发展决心做出应有的贡献 。
历史传承
名称由来
“多伦淖尔”名称的由来，源于元世祖忽必烈汗时期，其意思为“七个湖泊”，由相互邻近的峒干淖尔、依克达汗淖尔、巴罕达淖尔、空儿贵淖尔、巴彦淖尔、科布多淖尔和乌木克淖尔等组成 。在元朝上都城东侧，水草丰美，碧波荡漾，上都河、黑水河、蛇皮河和吐力根河在此汇合成滦河（京津主要水利来源） 。早在1260年（元中统年间），忽必烈大汗就在这块风水宝地上，建起东凉亭（又叫夏宫），以后元朝的历代皇帝在七、八月份炎热之时，都要到此游山玩水，避暑狩猎 。
康熙会盟
时轮运转，清朝为了巩固北部边疆的安全，选择了地理位置重要的多伦淖尔，于1691年（康熙三十年）5月，康熙帝亲赴美丽的多伦淖尔草原，召集外蒙古三部首领与内蒙古各部的49旗王公贵族，礼哲布尊丹巴活佛为大喇嘛，管理外蒙古宗教事务，共商国家统一，各民族共同发展大计，并宴赏各部，商讨北部边疆事宜，对喀尔喀部（外蒙古）编设盟旗札萨克，确立了对外蒙古的统治和管辖，从此外蒙古正式列入清朝版图，这就是清史上著名的“多伦淖尔会盟”，又称“康熙会盟” 。
在这盛大的宴会期间，应蒙古各部首领的请求，决定在这片“川原平衍，水泉清溢”之地，仿北京故宫中和殿的风格，建造一座宏伟的藏传佛教寺院，即多伦淖尔庙，以纪念这一具有历史意义的会盟 。康熙帝欣然应允，并发诏书由国库拨款十万两白银帮助修建，由内务府和工部负责寺庙工程开支 。
建寺纪年
建造多伦淖尔寺庙的位置选在会盟期间康熙帝设大帐的原址上 。最初是为内迁的外蒙古三部所建 。寺庙建造工程的主持、设计者哲布尊丹巴活佛，是一位杰出的雕塑家和建筑师 。在他的执事下，把所需的工匠从京城和直隶地区调集，主要建筑材料基本上在当地解决 。其中，方石、条石、汉白玉等石料大多取自元上都旧址；所需的砖瓦多数由老窑村烧制而成，琉璃瓦及鸱吻等装饰物件取自京城；所需的木料是从热河地区运来 。至1697年（康熙三十六年），寺庙建设初具规模，而哲布尊丹巴活佛又准备返回外蒙古，清廷派遣驻京的章嘉活佛主持多伦淖尔庙的后续工程建设，直至1700年（康熙三十九年）基本完工 。
1701年（康熙四十年）6月，油饰彩绘工程圆满结束 。同年7月期间，康熙帝临拈香礼拜，强调依照京城畅春园永宁寺的模式装饰多伦淖尔庙，经过半年多的准备，从京城迎请来佛像、经文及供器等，将其装修一新，并决定在多伦淖尔设立喇嘛印务处，章嘉活佛为札萨克达喇嘛，掌管内蒙古喇嘛教事宜 。内蒙古49旗每旗选派一名品学兼优的喇嘛到该庙礼拜，形成了“家各一僧”制度；外蒙古各旗也依照这一制度，各派僧人到多伦淖尔庙常住 。

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