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1．黄酮类 。黄酮类及双黄酮类在裸子植物中普遍存在 ， 双黄酮除蕨类植物外很少发现 ， 可以说是裸子植物的特征性成分 ， 也是活性成分 。常见的黄酮类有槲皮素(quercetin)、山奈酚(kaempferol)、芸香甙(rutin)、杨梅树皮素(myrcene)等 。双黄酮类多分布在银杏科、柏科、杉科 ， 如柏科植物含柏双黄酮(cupressuflavone) ， 杉科和柏科含扁柏双黄酮(hinokiflavone) ， 特别是穗花杉双黄酮(amentoflavone)在裸子植物中分布最普遍 。银杏叶中含银杏双黄酮(ginkgetin)、异银杏双黄酮(isoginkgetin)、去甲银杏双黄酮(bilobetin) 。银杏叶总黄酮制剂用于治疗冠心病 。
2．生物碱类 。生物碱在裸子植物中分布不普遍 ， 现知的仅存于三尖杉科、红豆杉科、罗汉松科、麻黄科及买麻藤科 。三尖杉属(Cephalotaxus)植物含多种生物碱 ， 现已分离出20多种生物碱 ， 其中粗榧碱类(cephalotaxine type alkaloids)有12种 ， 高刺桐碱类(homoerythrina type alkaloids)有9种 。经动物试验 ， 酯型生物碱有抗癌活性 ， 如三尖杉酯碱(harringtonine)、高三尖杉酯碱(homoharrgtonine) ， 临床上用于治白血病 。紫杉醇(tax01)对卵巢癌、乳腺癌、子宫颈癌等有抑制作用 。麻黄属(Ephedra)植物多含有麻黄碱类生物碱(Ephedra alkaloids) ， 如左旋麻黄碱(l-ephedrine)、右旋伪麻黄碱(d-pseudoephedrine) 。麻黄碱用于治支气管哮喘、鼻粘膜充血引起的鼻塞 。伪麻黄碱对平滑肌的解痉作用和麻黄碱相似 。
3．树脂、挥发油、有机酸等如松香、松节油 。【裸子植物的化学成分,化学成分分析？】金钱松根皮含有土模皮酸有抗真菌作用 ， 用治脚癣、湿疹、神经性皮炎 。

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