有机肥有发酵习性，施入土壤中会发酵，产生热量、有害气体，有烂种子、烧根、烧苗现象，而且发酵时间长，产生肥害反而影响农作物生长，没有发酵腐熟的农家有机肥，施入土壤病虫害较多，动物粪便里、农作物秸秆、下脚料里含有病菌、虫卵、病毒，如果直接施入土壤，会在土壤中漫延、滋生、孵化，危害农作物生长，爆发病虫害疫情 。

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有机肥必须经过完全腐熟才能施入土壤被作物吸收利用，这已经成了当前施用有机肥料的基本标准了 。但是为什么要完全腐熟后才能施呢？主要有这三方面的原因：

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有机肥料主要由畜禽粪便和植物秸秆或者工厂醋糟、糖醇等下脚料制作而成 。我们将有机肥施入土壤中，目的是要让这些有机质促进土壤活化，就是土粒间隙打开，形成透气通道和聚水间隙 。而我们指的生粪如果施进土壤，也能使土壤活化，但它不纯净，在土壤中腐熟反而会影响作物对营养的正常吸收 。所以，粪类必须得在土外完全腐熟 。
但是头年秋季的秸秆就可以直接打碎进土壤腐熟，因为秋季要经过冬季，如果秸秆全部被翻入土壤中，其木质素会进行分解，在合理碳氮比下，会分解成有机质，次年再耕翻一回，散去气体，这是有利于作物吸收的 。但是秸秆直接在土壤中腐熟最好与生物菌肥或者生物菌剂作配合，以求平衡土壤中的菌群，这样最好 。

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未腐熟完全的有机肥一般都会堆放在一起，就会产生高温，这个高温一般在50摄氏度以上，部分肥料不堆放温度较低 。在高温的作用下，有机肥料发生腐烂，会产生一些有毒气体，如甲烷、氨气等 。这些气体如果在土壤中的话，极易跑到作物根部或者土壤外部，使作物根系和叶片被受伤而根系不长，叶片失绿，我们称之为“烧根、烧苗”，这对于作物是非常不利的 。所以，我们对有机肥料进行腐熟一定要远离土壤进行 。

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种地的朋友们都比较害怕这个土传病害 。本来玉米种也没有问题，地上病虫害也相对少了，土壤中若没有什么病虫害的话，这样会省事很多 。但一些未腐熟过的有机肥里有很大可能会有病害寄生和虫卵寄生，这要是施入土壤，很大可能会传染到作物，虫卵会长大危害作物 。一些虫卵就是在秸秆、杂草、粪便中寄生的，而且粪便中本身就有一些寄生虫 。
我们腐熟有机肥就是要把这些寄生的病菌和虫卵给杀死 。为什么叫完全腐熟，就是要在足够的时间内，封闭性对其进行高温灭杀 。中间翻动几回，冒出气体后，继续封闭灭杀 。这样腐熟过的有机肥料，基本上施入土壤中，它的病菌和虫卵会很少了或者没有了 。我们在施有机肥前，要把这些有机肥摊开让太阳暴晒一两日更能促进灭杀病菌和虫卵 。

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在农作物种植过程中，我们农村有着很多的农家肥，这些农家肥都会被用来给自家菜地或者庄稼地施肥用，没有被发酵处理的农家肥肥效太猛，容易烧死农作物，所以在农村以前都会把农家肥堆在一个坑里，在我们这里叫做粪坑，堆得久了就会发酵腐熟，之后就会变得没有那么臭了，只是有种腐熟的酸味，这个时候再去施肥就是很好的有机肥，非常有利于作物的生长 。

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