受精卵孵化工作决定着小龙虾苗种生产的结果，孵化率决定着苗种产出数量，孵化时间决定着苗种供应时间及规格 。受精卵的孵化是小龙虾苗种生产最重要的环节，必须高度重视 。小龙虾受精卵黏附于母亲虾的游泳肢上，其孵化进程与结果除和其他鱼、虾的受精卵一样受温度、溶氧等环境因子控制外，还受雌亲虾本身孵化行为的影响 。因此，做好小龙虾受精卵的孵化工作既要创建受精卵所需要的环境条件，又要满足雌亲虾的生存、生活需要 。

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一、自然孵化
这种孵化方式是指在自然温度下，由抱卵虾依靠其天然护卵、护幼的习性，将受精卵孵化成仔虾的孵化行为 。自然条件下，受精卵的孵化主要是由雌亲虾携带在洞穴中完成 。由于孵化时间较长，雌亲虾除偶尔出洞觅食之外，大部分时间都在不断地划动游泳肢，带动受精卵在水中来回摆动 。这样既解决受精卵局部溶氧不足的问题，又能及时清除坏死卵，因而孵化率较高 。实际生产中，为雌亲虾创造优越的生活环境，提高雌亲虾的活力，腹部的受精卵自然就得到雌亲虾的精心护理，具体做法如下 。
1、保持水位稳定
大部分小龙虾的洞穴都分布在正常水位线上30厘米以内，洞口开于水位线以上，洞底通往水位线以下，洞穴始终处于半干半水状态 。水位稳定可以保持洞穴半干半水状态，促进受精卵的孵化进程 。
2、保持洞穴温度
冬季缺水季节或为抑制受精卵孵化进程，人为排干池水，使小龙虾洞穴完全处于无水状态，但在越冬期间受精卵和亲虾有可能因寒冷的天气而死亡 。因此，应该在洞穴集中区覆盖草帘或堆放5厘米以下稻草等保温性好的秸秆，防止洞穴结冰引起抱卵虾死亡 。
3、保持良好的水质条件
在抱卵虾集中放养或者因水温控制不好，抱卵虾出洞栖息于池塘时应特别重视抱卵虾优良生活环境的营造 。其中水质调节最为重要 。水质好，亲虾的活力就有保证，护卵、护幼的天性才能正常发挥，受精卵的孵化率相应提高 。
二、控温孵化
小龙虾受精卵的孵化进程受温度的影响最大 。在适宜的范围内，温度越高，孵化时问越短；温度越低，孵化时间越长 。最长的孵化时间可达数月，这也是第二年春季还会出现大量抱卵虾的重要原因 。日本学者Tetsuya Suko专门就温度对小龙虾受精卵的孵化时间的影响做过研究，认为在适宜的温度范围内，受精卵孵化经历时间和温度升高呈正向线性关系 。
和非洞穴产卵方式生产抱卵虾方法相配合，抱卵虾也可以集中放养 。人为控制抱卵虾的水温，使小龙虾亲虾栖息水体的温度达到小龙虾受精卵最适宜的孵化温度，加快受精卵孵化进程 。其中，根据小龙虾栖息习性，设计、构建专门的小龙虾抱卵虾集中放养和受精卵控温孵化设施，孵化效率最高 。它可以像其他水产养殖动物一样，实现规模化产苗和有计划供苗 。各地可以根据具体情况，设计和建造适合自己设施条件和生产规模的控温孵化设施 。
1、控温孵化装置的设计和构建
由原工厂化循环水养鱼车间部分水泥池改造建成，面积为50平方米 。改造原有进、排水管道，配备简易水处理设施，形成封闭循环水系统，配备自动电加热装置，保证孵化用水水温的可控性 。每口水泥池还设置了同样大小的密眼网箱（40目）1只，网箱内放置抱卵虾暂养笼若干 。创造受精卵适宜的水流、水质、光线、温度、溶氧等环境条件，促进受精卵尽快、批量孵化 。

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