畜禽养殖污染防治管理办法由国家环境保护总局令于2001年5月8日颁布，目前该规章的第六条已失效。注意，畜禽养殖污染防治实行综合利用优先，资源化、无害化和减量化的原则，排放污染物，不得超过国家或地方规定的排放标准。其中的畜禽废渣，是指畜禽养殖场的畜禽粪便、畜禽舍垫料、废饲料及散落的毛羽等固体废物。
一、畜禽养殖污染防治管理办法
该办法由国家环境保护总局令于2001年5月8日颁布，2016年7月13日，中华人民共和国环境保护部令第40号通过《关于废止部分环保部门规章和规范性文件的决定》中第一条决定予以废止的规章第六条的规章，目前该规章已失效。
1、为防治畜禽养殖污染，保护环境，保障人体健康，根据环境保护法律、法规的有关规定，制定本办法。
2、本办法所称畜禽养殖污染，是指在畜禽养殖过程中，畜禽养殖场排放的废渣，清洗畜禽体和饲养场地、器具产生的污水及恶臭等对环境造成的危害和破坏。
3、本办法适用于中华人民共和国境内畜禽养殖场的污染防治，畜禽放养不适用本办法。
4、畜禽养殖污染防治实行综合利用优先，资源化、无害化和减量化的原则。
5、县级以上人民政府环境保护行政主管部门在拟定本辖区的环境保护规划时，应根据本地实际，对畜禽养殖污染防治状况进行调查和评价，并将其污染防治纳入环境保护规划中。
6、新建、改建和扩建畜禽养殖场，必须按建设项目环境保护法律、法规的规定，进行环境影响评价，办理有关审批手续。畜禽养殖场的环境影响评价报告书（表）中，应规定畜禽废渣综合利用方案和措施。
7、禁止在下列区域内建设畜禽养殖场。
（1）生活饮用水水源保护区、风景名胜区、自然保护区的核心区及缓冲区。
（2）城市和城镇中居民区、文教科研区、医疗区等人口集中地区。
（3）县级人民政府依法划定的禁养区域。
（4）国家或地方法律、法规规定需特殊保护的其他区域。
8、畜禽养殖场污染防治设施必须与主体工程同时设计、同时施工、同时使用；畜禽废渣综合利用措施必须在畜禽养殖场投入运营的同时予以落实。环境保护行政主管部门在对畜禽养殖场污染防治设施进行竣工验收时，其验收内容中应包括畜禽废渣综合利用措施的落实情况。
9、畜禽养殖场必须按有关规定向所在地的环境保护行政主管部门进行排污申报登记。
10、畜禽养殖场排放污染物，不得超过国家或地方规定的排放标准。在依法实施污染物排放总量控制的区域内，畜禽养殖场必须按规定取得《排污许可证》，并按照《排污许可证》的规定排放污染物。
11、畜禽养殖场排放污染物，应按照国家规定缴纳排污费；向水体排放污染物，超过国家或地方规定排放标准的，应按规定缴纳超标准排污费。
12、县级以上人民政府环境保护行政主管部门有权对本辖区范围内的畜禽养殖场的环境保护工作进行现场检查，索取资料，采集样品、监测分析。被检查单位和个人必须如实反映情况，提供必要资料。检查机关和人员应当为被检查的单位和个人保守技术秘密和业务秘密。
13、畜禽养殖场必须设置畜禽废渣的储存设施和场所，采取对储存场所地面进行水泥硬化等措施，防止畜禽废渣渗漏、散落、溢流、雨水淋失、恶臭气味等对周围环境造成污染和危害。畜禽养殖场应当保持环境整洁，采取清污分流和粪尿的干湿分离等措施，实现清洁养殖。
14、畜禽养殖场应采取将畜禽废渣还田、生产沼气、制造有机肥料、制造再生饲料等方法进行综合利用。用于直接还田利用的畜禽粪便，应当经处理达到规定的无害化标准，防止病菌传播。