分为几种情况来说：
1.如果新生儿的母亲不是乙型肝炎病毒携带者 。
疫苗的保护率不是100%！大多数疫苗的保护率是百分之九十五左右 。
另外，一种病毒是分很多亚型的 。
在大多数情况下，防止感染某种病毒的疫苗，只是采集了这种病毒最主要的病毒亚型的抗原，疫苗只能避免这种病毒的（绝大多数病毒亚型的病毒的）感染，还有极少数特殊亚型的病毒，疫苗并不能预防他们的感染 。
另外，病毒会变异，可能产生新的病毒亚型的病毒，这种新的病毒亚型的病毒，原来的老的疫苗是无法提供保护的 。
所以说打了乙肝疫苗以后，对于绝大多数的乙肝病毒，是能够产生有效的免疫的，可以产生非常好的预防乙肝病毒感染的效果 。
但是，也不能掉以轻心，还有一些极少数的特别类型的乙肝病毒，或者一些产生新的突变的乙肝病毒，老疫苗是无法预防的 。
所以，人们还是要注意个人卫生，要加强卫生知识的学习，养成良好的卫生习惯，这才是预防各种传染病，最重要的办法 。
2.如果新生儿的母亲是乙肝病毒携带者 。
打了乙肝疫苗和乙肝免疫球蛋白，可以极大的减少新生儿感染乙肝病毒的可能性 。
但是，尽管免疫的效果以可以很高，但不是100%！
如果，新生儿在他出生以前，在母亲的体内已经感染了乙肝病毒，出生时打乙肝疫苗和乙肝免疫球蛋白，就不能避免新生儿感染乙肝病毒 。
被乙肝病毒感染的女性怀孕生小孩，必须采用母婴阻断的措施 。
除了在小孩出生后，要尽早注射乙肝疫苗之外，还要同时注射乙肝病毒免疫球蛋白 。
另外，在怀孕的期间，如果母亲的乙肝病毒DNA复制水平比较高，还需要服用抗乙肝病毒复制的药物，以最大限度地阻断胎儿在宫内被感染乙肝病毒 。
对于每个人的自行调理体质，各不尽同，根据辨证，打过疫苗后大多数是增加了病毒抗体，但少数也会因体质，自身相生相克的抗体使疫苗失力，这种情况最易让医生误诊，故而打了疫苗也不可认为体内长城固牢 。
打任何疾病的疫苗，都有可能得某类疾病 。
疫苗保护是相对的，且绝大多数人会起到保护作用，疫苗作用应该肯定 。但因疫苗质量、在人体生成抗体的多寡、抗体存留时间长短、人体感染病菌（病毒）的量和发病情况不同，肯定会有部分患者发病的 。
有了抗体就不会被感染，但到了一定年龄，还要检查抗体值，如果足够高，是可以抵御病毒的，如果抗体值下来了，不足以抵御病毒时，可以再次打疫苗，使抗体提值升起来，防止被感染！

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