为了体现祭祀活动的庄重、肃穆的气氛，潮汕书院祭祀建筑在空间组构上多是独立性与封闭性，与讲堂空间组构有明显的差异 。但也有些书院祭祀建筑不处在轴线的后端，如琴峰书院右侧的三公庙，庙里立有孔夫子、关帝君、岳武穆三位先贤塑像；左侧的义举祠，祠内安有在此院任教过的举人名牌位，供人学习、瞻仰31 。这不妨其独立性 。而文昌阁、魁星楼等建筑的位置更为灵活 。如揭阳宝峰书院魁星楼就在书院内，潮阳东山书院魁星楼虽在东山，但在书院外 。其独立性显示其尊贵位置 。
其三，藏书与空间组构
藏书是潮汕书院的一大功能 。为便于管理和保护书籍起见，潮州的韩山书院、海阳的龙湖书院，潮阳的东山书院、六都书院，揭阳的榕江书院、宝峰书院等，其藏书建筑设于中轴线偏后的位置，而饶平的琴峰书院设于祠区的上层楼阁 32 。
潮汕书院建筑反映了潮汕社会文化、艺术、宗教、哲学等一系列社会特性 。书院外部环境选择在传统思维方式、哲学思想与审美观念等方面表现出人文意蕴；其内部建筑也具有深刻的传统文化象征意义 。
25[乾隆]周硕勋：《潮州府志》，潮州珠兰书屋，清乾隆辛已（1761）年版，第72页、52页、52页、71页 。
2829 [嘉靖]郭春震：《潮州府志》，第52页、17-18页、7页、9页 。
13 王琳乾：《汕头市志》，新华出版社1999年版，第45-46页、830页、830页 。
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15 方烈文：《潮汕胜迹·潮阳海门莲花峰》，广东高等教育出版社1998 年版，第93页 。
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181920212324303132 陈历明：《潮汕文化志》，汕头市文物管理委员会编印1985年版，第177-184页 。
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