2002年，由百果园投资的安远东江脐橙开发有限公司成立，余惠勇任董事长，并亲自带队到田间地头种植柑橘类果品（包括橘子、脐橙），随后在海南、云南先后直接投资两块蜜瓜及葡萄种植基地 。三大种植基地加起来占地超过15000亩，超过30名农科专业毕业生分散在各个基地研究种植技术 。
施肥技术至关重要，百果园希望通过亲自种植摸索施肥之道，余惠勇说：“只有大量施用有机肥，才能保证果品质量达到B级以上标准 。”
自有种植基地只是一块试验田，不能满足庞大的零售需求，百果园也没有足够的财力、人力及物力投入到自我种植 。余惠勇退而求其次，与全国各地的果品基地进行合作，一方面免费输出种植技术，提出生产要求；一方面提供销路，甚至是采取包销模式 。
利用这种方式，截至目前，百果园与全国100余家果品基地建立了合作 。仅冬枣的合作基地就遍布云南、河南、山西、山东、新疆等多个省份 。
此外，百果园的采购基地分布在全球30多个国家，2014年进口水果占其零售总量的50%，余惠勇称比例在未来会进一步上升，达到70%左右 。其原因仍然是因为国内水果种植技术的落后导致无法满足其日益增长的销量，“按道理，我希望国产水果能够占到更大的份额，所以我们也很惭愧 。”余惠勇说 。
在解决供货端困扰的同时，百果园也开始自建仓储，百果园内部称之为果品粗加工中心，主要负责将从产地采购的产品进行初步筛选及处理 。目前，在百果园门店密集的广东地区，共设有4大仓储中心，单个面积平均10000米，在华东地区也建成了一个规模相近的仓储中心，辐射遍布在上海及周边地区的300余家门店 。
深圳配送中心有专门为冷藏车卸货的密封平台，确保鲜果冷链持续性 。
“十六字诀”
余惠勇乐衷于谈百果园的十六字诀，即“情感商品、计划经济、动态销管、损耗比拼” 。所谓情感商品，余惠勇认为水果不同于大米、蔬菜等，是带有感情以及会影响顾客情感，“当你买一个西瓜回去是生的，会大失所望，会认为百果园不好 。”所以一方面，百果园的运营体系核心是围绕让水果过得舒服而建立，否则“它会死给你看” 。
另一方面，在门店终端，百果园极为注重卫生与果品陈列，以愉悦顾客 。为了增强顾客体验，余惠勇不顾高层及员工的反对，推出“三无退货政策”，即顾客可在没有任何购物凭证的情况下进行退货 。仅此一项，百果园每年付出数千万元的成本 。
计划经济，则是根据各个门店的销量进行采购规划；而计划之外，则是应变能力 。水果的生命周期短，为了保持产品的最佳状态，需要根据实时数据进行调整、陈列设置，并实施促销策略 。
支撑动态销管理论是是的基础是百果园自主研发的单品管理线上系统 。于2010年研发成功率先在PC端上线，而后为顺应移动互联网的发展又开发出手机版本，在这套系统的支持下，每种单品的水果从入库、配送到终端零售均有迹可循 。
通过固定的计划和灵动的销管，百果园目前成功将损耗控制在了5%，而来自中国果协连锁超市与电商分会的数据是：水果零售行业平均损耗在8%至10%，部分水果电商这一数字更是高达15% 。但余惠勇认为百果园可以更进一步，将损耗控制在3%以内 。
目前百果园的所有门店均采取直营模式，早在创业初期，余惠勇尝试过通过加盟方式，想迅速扩大规模 。“一方面没有标准，很难，另一方面，加盟商和公司的价值观未必是一致的，非标商品容易造假，售后服务也跟不上 。”
天图资本首席投资官冯卫东说，此轮融资就是要帮助百果园向外扩张，迅速占领市场 。

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