将防腐涂料刷在设备内壁上、可以控制藻类生长 ， 且可以抑制异养菌的生长 。
阴极保护冷却水系统中存在硫酸盐还原菌时 ， 碳钢的阴极保护电位一般为-0.95V（相对于Cu/CuSO4电极） 。 这一电位可使碳钢处于热力学的稳定状态 ， 从而防止碳钢被腐蚀 。
清洗进行物理清洗或化学清洗可把微生物生长所需的养料、基地、庇护所及生物本身从冷却水系统中的设备表面上除去 ， 并被排出 。
清洗对于一个被微生物严重污染的冷却水系统来说 ， 是一种十分有效的措施 。
防止阳光照射藻类生长和繁殖需要阳光 ， 冷却水系统应避免阳光照射 。
水池上面应加盖 ， 冷却塔的进风口可加装百页窗 。
旁流过滤在循环冷却水系统中 ， 设计安装用砂子或无烟煤等为滤池过滤冷却水是一种控制微生物生长的有效措施 。
通过旁流过滤 ， 可以在不影响冷却水系统正常运行的情况下除去水中大部分微生物 。
混凝沉淀在补充水的前处理或循环冷却水的旁流处理过程中 ， 常使用铝盐、铁盐等混凝剂或高分 子絮凝剂（例如聚丙烯酰胺） 。
这些药剂能在絮凝沉淀过程中将水中的各种微生物随生成的絮凝体一起沉淀下来 ， 从而把它们除去 。
用这种方法除去的微生物可占水体中微生物的80%左右 。
噬菌体法
噬菌体是一种能够吃掉细菌的微生物 。
噬菌体与动物病毒、植物病毒不同 ， 它们只对细菌的细胞发生作用 ， 故是一种很小的但非常有用的病毒 。
噬菌体靠寄生在叫做“宿主”的细菌里进行繁殖 。 繁殖的结果是将“宿主”吃掉 ， 这个过程叫做溶菌作用 。
该法对于防止电站的海水冷却水系统及造纸厂的工业水系统中粘泥的形成 ， 十分有效 。
添加杀生剂控制冷却水系统中微生物生长最有效和最常用的方法之一是向冷却水系统中添加杀生剂 。
一个良好的微生物控制方案往往是将几种方法联合使用 。 例如 ， 先将冷却水系统进行剥离和清洗 ， 再投加杀生剂的方案要比只添加杀生剂的方案要有效得多 。

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